Hammersøen på Nordbornholm, er Danmarks eneste bjergsø og den største naturlige sø på øen. Hammersø er ca. 650 m lang, 150 m bred og 13 m dyb og beliggende ca. 9 m o.h. På de to langsider er der meget stejlt, ca 2 m ude er vanddybden allerede på 11 – 12 m., på de to andre sider falder bunden mere jævnt.
Men her har ikke altid været en sø. Meget langt tilbage i tiden var Hammersøen oprindeligt et sund, der adskilte Hammerknuden fra det øvrige Bornholm. Søen er opstået på grund af vandstanden i havene sank. Langsomt gennem rigtig mange år, har det bevirket, at åbningerne mod Østersøen ved Sæne Havn (Hammerhavnen) og Sandvig Bugten er blevet lukkede ved at granitten blev blotlagt, og søen er opstået.
Hammersøen har flere gange i historien givet anledning til at der har været planer om at anlægge en flådehavn.
I begyndelsen af 1600 tallet, under Kong Frederik lll, blev Kastellet i København opført, men under svenskernes angreb i 1658 blev anlægget kraftigt beskadiget, og en ekspert i fæstningsbyggeri blev tilkaldt. Den hollandsk fødte Fæstningsingeniør Henrik Rüse indgik i 1661 en kontrakt med Kongen om at forstærke Kastellet. Men han havde også en plan som han gerne så udført. En flådebase på Bornholm, i Hammersøen. En hurtig opmålinger viste at en flådehavn ikke ville være umuligt.
Så i 1676 blev Bagge Wandel sendt til Bornholm for at foretage nærmere undersøgelser og udfærdige kort, inden man skulle beslutte sig. Hans opmålinger viste at Hammersøen lå 3,64 m o.h. mod Sandvig Bugten, men da vanddybden i søen var 13 m ville det ikke have nogen betydning for skibene når åbningen blev lavet og vandstanden sank. Planen blev dog ikke til noget, da der var en del granit under sandet mellem søen og Sandvig, og det ville blive en næsten umulig opgave at fjerne det. Flådehavnen blev i stedet for lagt på Christiansø.
Men det var ikke sidste gang man ønskede at lave en flådehavn i Hammersøen. I 1716 var det Tzar Peter den Store der havde planer om en flådehavn i Hammersøen. Hans ide gik ud på, at indsejlingen til havnen, skulle foregå fra Sæne Havn og ved hjælp at sluser, skulle skibene hæves 9 m op til Hammersøen. Den plan blev heller aldrig til noget.
Ideen med en flådehavn var dog ikke helt glemt. I 1737 ville greve Frederik Danneskjold-Samsøe have opmålt og tegnet plancher til en mulig havn. Denne gang var ideen at man skulle sejle via kanaler samt at man skulle kunne besejle flådehavnen både fra vest (Sænebugten) og øst (Sandvig). Ved at gøre det på den måde, ville man kunne besejle havnen i alt slags vej. Tegninger til dette projekt blev udført af B. Grodtschilling, og de ligge i dag i H. M. Dronningens Håndbibliotek. Der blev lavet 10 tegninger, 6 af dem er bevarede. Men heller ikke denne gang kom der nogen flådehavn.
I 1809, under englænderkrigene, bliver det igen nævnt at ændre Hammersøen til en flådehavn. Denne gang var det en Kommandør A. Rothe. Men yderligere blev ikke foretaget.
Endelig sidste gang hvor søen bliver nævnt som havn, sker i 1889. Denne gang var det dog ikke som en flådehavn, men en industrihavn til Hammerværket (stenbrud). Man ser Hammersøen som en mulighed, men forkaster dog ideen og anlægger i stedet for Sæne Havn (Hammerhavnen).
Hammersøen er der heldigvis stadigvæk, smukt beliggende ved foden af Hammerknuden. Men i tankerne kan man måske godt forestille sig en utrolig flot marina med forskellige sejlbåde liggende ved foden af Hammer-knuden.
Når der om vinteren er is på søen, bruger en del personer i området søen som skøjtebane.
I dag er det ikke længere tilladt at køre i bil langs kanten af søen. Vest for søen findes der parkeringsplads, hvor man også finder de gamle stenbrudssøer Opalsøen – med svævebane, Krystalsøen og Sibirien.
